Mapa 040 — De restos y moléculas a genealogías reticuladas

Mapa general

flowchart LR
    F["Fósil / sedimento"] --> P["Procedencia y fecha"]
    F --> M["ADN o proteína"]
    M --> A["Autenticación"]
    A --> R["Afinidad con referencias"]
    R --> L["Rama molecular"]
    G["Genoma individual"] --> H["Parentaje / ancestría"]
    X["Genomas poblacionales"] --> S["Compartición de alelos"]
    S --> D["Modelo demográfico"]
    T["Longitud de tractos"] --> D
    D --> I["Flujo e intervalo condicionados"]
    L --> D
    P --> D
    I -. "no observa" .-> C["Encuentro o conducta"]
    H -. "no mide" .-> Q["Frecuencia poblacional"]
    I -. "no fija" .-> Z["Rango zoológico"]

Ruta 1 — Neandertal fósil y neandertal genómico

espécimen/contexto → anatomía comparada → hipodigma neandertal
         hueso → ADN auténtico → referencia neandertal

solapamiento contrastable
        ≠ identidad perfecta de categorías

Los dos usos de neandertal pueden corroborarse cuando coinciden en un individuo. La referencia de Altái o Vindija no representa toda la variación fósil y geográfica (CLAIM-NEAND-OPERATIONAL-001, CLAIM-LATE-NEAND-STRUCTURE-001).

Ruta 2 — Una categoría denisovana nacida de moléculas

falange Denisova → mtDNA inesperado
                 → nuclear → hermana de neandertales
                 → alta cobertura → comparador

Xiahe / Penghu / Harbin → proteína o ADN → afinidad
                                      ≠ una morfología universal

La categoría se extiende sólo cuando la biomolécula conecta el individuo con referencias. Parecido regional sin moléculas sigue siendo candidato (CLAIM-DENISOVAN-OPERATIONAL-001, CLAIM-XIAHE-DENISOVAN-001, CLAIM-PENGHU-DENISOVAN-2025-001, CLAIM-HARBIN-DENISOVAN-2025-001).

Ruta 3 — De Denisova 11 a una hija F1

fragmento → daño auténtico → genoma diploide
                         ├→ mitad neandertal + mtDNA neandertal
                         └→ mitad denisovana
                                  ↓
                         madre N + padre D
                                  ↓
                 tractos N extra en el padre
                                  ≠ frecuencia de contacto

La resolución individual es excepcional. La extrapolación demográfica es el cuello de botella (CLAIM-DENISOVA11-F1-001, CLAIM-DENISOVA11-OLDER-FLOW-001).

Ruta 4 — De asimetría a mezcla

alelos derivados compartidos
        ↓ estadística D / f
árbol simple rechazado
        ↓ compara estructura, flujo y errores
mezcla favorecida
        ↓ tractos y tiempo
episodio condicionado

Una D distinta de cero no entrega por sí sola dirección, fecha o porcentaje. Las series temporales y tractos largos añaden discriminación (CLAIM-NEAND-GENOME-2010-001, CLAIM-ADMIXTURE-STRUCTURE-ADVERSARY-001).

Ruta 5 — Del bloque al reloj

segmento arcaico → longitud genética
                 → recombinación por generación
                 → generaciones desde contacto
                 → edad de la muestra
                 → intervalo calendario

Oase y Bacho Kiro conservan segmentos de ancestros recientes. Iasi y Sümer combinan múltiples individuos para el episodio compartido. Los resultados tienen escala distinta (CLAIM-OASE-RECENT-NEAND-001, CLAIM-BACHO-RECENT-NEAND-001, CLAIM-NEAND-ADMIXTURE-DATE-2024-001).

Ruta 6 — Del porcentaje actual a su significado limitado

tractos detectados / genoma analizable
        ↓ referencia + filtro + población
fracción de ancestría retenida
        ↓ recombinación + deriva + selección + migración
distribución actual
        ≠ identidad total / cuerpo / número de ancestros

Cambiar denominador o referencia cambia la cifra. La selección hace que el presente no copie el episodio original (CLAIM-ARCHAIC-PERCENT-LIMIT-001, CLAIM-NEAND-SELECTION-001).

Ruta 7 — De cueva a presencia, no a convivencia

sedimento cuadriculado → OSL/modelo de capa
                      → mtDNA dañado
                      → linaje presente
                      → recurrencia local
                      ≠ grupo, cuerpo o industria asignados

Denisova y Baishiya ofrecen series, pero el ADN sedimentario puede desplazarse y no conserva identidad individual (CLAIM-DENISOVA-CAVE-CHRONOLOGY-2025-001, CLAIM-BAISHIYA-DENISOVAN-001).

Ruta 8 — De proteína a afinidad

esmalte/petroso → péptidos → daño/modificación
                          → variantes informativas
                          → afinidad molecular
                          ≠ genoma o taxón resuelto

Xiahe y Penghu muestran la potencia de la paleoproteómica. La edad de Penghu no hereda la fuerza de su identificación (CLAIM-XIAHE-DENISOVAN-001, CLAIM-PENGHU-AGE-LIMIT-001).

Ruta 9 — Varias ancestrías denisovanas

genomas de Oceanía/Asia
        ↓ tractos reference-free
conjuntos con afinidades distintas
        ↓ modelos de pulsos
≥2 poblaciones donantes diferenciadas
        ≠ lista completa de ramas

La referencia de Altái detecta unas contribuciones mejor que otras. Los donantes reales siguen sin genoma directo (CLAIM-DENISOVAN-MELANESIAN-001, CLAIM-DENISOVAN-MULTIPULSE-001).

Ruta 10 — De introgresión a adaptación

haplotipo EPAS1 → afinidad denisovana
               → frecuencia extrema
               → selección
               → asociación fisiológica
               ≠ ventaja universal o donante exacto

El origen del segmento y su aumento son inferencias relacionadas pero distintas (CLAIM-EPAS1-DENISOVAN-001, CLAIM-ADAPTIVE-INTROGRESSION-LIMIT-001).

Nodos principales

Matriz de escalas

Cuellos de botella

• Referencias neandertales y denisovanas escasas y geográficamente sesgadas.
• Diferenciar flujo, estructura ancestral y errores del detector.
• Traducir recombinación en calendario sin falsa precisión.
• Separar un individuo F1 de prevalencia poblacional.
• Asociar ADN sedimentario con capas sin asignar industrias automáticamente.
• Convertir proteínas en afinidad sin tratarlas como genoma.
• Conectar segmentos candidatos con funciones causales.
• Mantener taxonomía separada de compatibilidad reproductiva.

Falsadores transversales

• Modelos estructurados que ajusten conjuntamente todos los observables sin flujo.
• Nuevas referencias que eliminen la asimetría o reasignen los tractos.
• Replicaciones moleculares que muestren contaminación o identificación peptídica errónea.
• Genomas directos asiáticos que contradigan las afinidades proteicas actuales.
• Series antiguas que no muestren el acortamiento esperado de segmentos.
• Fechas directas que rompan asociaciones entre fósil y capa.
• Ensayos funcionales que separen el haplotipo arcaico del fenotipo atribuido.

Resultado operativo

El mapa produce cinco salidas y prohíbe fusionarlas: individuo, linaje, parentaje, flujo poblacional y ancestría retenida. La historia reticulada es sólida cuando varias escalas convergen; su detalle continúa condicionado por muestra y modelo.