¿Cómo fechamos la separación del linaje humano respecto de otros simios si cada región del genoma tiene una historia distinta?

Humanos, chimpancés y bonobos forman linajes hermanos dentro de los grandes simios africanos; gorilas son la rama viva siguiente y orangutanes una separación anterior. Esta topología está apoyada por millones de sitios y cambios estructurales, pero no significa que cada fragmento de ADN tenga el mismo árbol. Recombinación y persistencia de variantes ancestrales hacen que un locus humano pueda coalescer primero con gorila, o uno chimpancé con gorila, aunque el árbol de especies coloque a Homo y Pan como hermanos (CLAIM-HOMININ-SPLIT-TREE-TOPOLOGY-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-ILS-001).

La comparación telómero a telómero de 2025 estimó, bajo sus alineamientos y modelo, una separación humano–chimpancé de 5.5–6.3 Ma, la separación de gorila respecto del linaje humano–Pan en 10.6–10.9 Ma y la de orangutanes en 18.2–19.6 Ma. El mismo análisis recuperó incomplete lineage sorting —ILS— en promedio en 39.5 % de los autosomas y 24 % del X. Son resultados de un análisis reproducible, no fechas observadas ni intervalos universales: tasa, regiones alineables, población ancestral y definición de «split» cambian los números (SRC-YOO-T2T-APES-2025; CLAIM-HOMININ-SPLIT-T2T-2025-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-HOMO-PAN-TIMING-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-AFRICAN-APE-TIMING-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-ORANGUTAN-TIMING-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-ILS-T2T-001).

Por eso una formulación prudente sitúa la separación de poblaciones que originaron a humanos y Pan aproximadamente entre ~5.5 y 7 Ma, con colas más antiguas bajo algunos relojes y calibraciones. El último ancestro común no fue necesariamente un individuo ni una pareja en una fecha: fue una población estructurada durante un proceso que pudo tener aislamiento gradual y flujo génico limitado. El tiempo de coalescencia de un segmento suele anteceder a la separación de las poblaciones (CLAIM-HOMININ-SPLIT-COMMON-ANCESTOR-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-SPECIES-SPLIT-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-COALESCENCE-001).

Los relojes moleculares convierten diferencias en tiempo sólo después de escoger tasa de mutación o sustitución, duración generacional, modelo coalescente y calibraciones. Tríos humanos y de otros grandes simios muestran que mutaciones de novo aumentan con edad parental y que la tasa anual humana reciente es menor que la extrapolada para chimpancé, gorila y orangután. Además, tipos de sustitución como transiciones CpG se comportan de forma más regular que otros. No existe una constante única que pueda multiplicarse por todo el genoma y toda la historia (CLAIM-HOMININ-SPLIT-MUTATION-RATE-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-PARENTAL-AGE-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-GENERATION-TIME-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-RATE-HETEROGENEITY-001).

Los fósiles no entregan la fecha del nodo. Un ejemplar bien situado puede imponer una edad mínima a una rama si su anatomía, posición filogenética, horizonte y datación son defendibles; el linaje debió existir antes. Fósiles cercanos al intervalo —incluidos Sahelanthropus y supuestos gorilinos como Chororapithecus— dependen precisamente de las afinidades que se discuten. Son calibradores condicionados, no fotografías del ancestro común (CLAIM-HOMININ-SPLIT-FOSSIL-CALIBRATION-001, CLAIM-HOMININ-SPLIT-FOSSIL-MINIMUM-001).

La fusión telómero–telómero que produjo el cromosoma humano 2 confirma un cambio derivado en nuestro linaje: conserva restos internos de secuencias teloméricas y una región centromérica ancestral. No fecha por sí sola la separación humano–chimpancé y no explica qué rasgos «nos hicieron humanos». Es un carácter estructural compatible con el árbol, no un cronómetro (SRC-IJDO-CHROMOSOME2-1991; CLAIM-HOMININ-SPLIT-CHROMOSOME2-001).