¿Cómo sabemos quiénes fueron neandertales y denisovanos y cuándo hubo mestizaje sin confundir un fósil, una genealogía y un porcentaje de ancestría?

Sabemos que neandertales, denisovanos y varias poblaciones de Homo sapiens intercambiaron genes porque convergen pruebas de escalas distintas. Un fragmento de Denisova 11 conserva un genoma compatible con madre neandertal y padre denisovano: es el caso individual más directo. En humanos antiguos y actuales, bloques cromosómicos más semejantes a referencias arcaicas que a comparadores africanos, su longitud, covarianza y distribución permiten reconstruir episodios de flujo. La señal compartida por los no africanos muestreados se concentra en un periodo aproximadamente entre 50.5 y 43.5 ka; los genomas de Ranis y Zlatý kůň restringen el evento compartido a 49–45 ka bajo otro análisis (CLAIM-DENISOVA11-F1-001, CLAIM-NEAND-ANCESTRY-SHARED-001, CLAIM-NEAND-ADMIXTURE-DATE-2024-001).

No fue un solo encuentro. Oase 1 tenía 6–9 % de ancestría neandertal y segmentos mayores de 50 cM, compatibles con un ancestro neandertal cuatro a seis generaciones antes. Tres individuos de Bacho Kiro también tenían ancestros neandertales recientes. Genomas neandertales conservan flujo desde poblaciones relacionadas con humanos modernos, y el padre denisovano de Denisova 11 ya portaba ancestría neandertal anterior (CLAIM-OASE-RECENT-NEAND-001, CLAIM-BACHO-RECENT-NEAND-001, CLAIM-SAPIENS-TO-NEAND-001, CLAIM-DENISOVA11-OLDER-FLOW-001).

Los denisovanos no fueron una población siberiana uniforme. ADN, proteínas y sedimentos los sitúan en Altái, meseta tibetana, Harbin y Penghu; los genomas actuales requieren al menos dos contribuciones de poblaciones denisovanas con distinta cercanía a la referencia de Altái. Esa distribución no autoriza a asignar automáticamente todo fósil asiático robusto a denisovanos (CLAIM-DENISOVA-CAVE-CHRONOLOGY-2025-001, CLAIM-XIAHE-DENISOVAN-001, CLAIM-BAISHIYA-DENISOVAN-001, CLAIM-PENGHU-DENISOVAN-2025-001, CLAIM-HARBIN-DENISOVAN-2025-001, CLAIM-DENISOVAN-MULTIPULSE-001).

El popular «dos por ciento neandertal» es una fracción de segmentos clasificados en un individuo o población bajo referencias y filtros; no es porcentaje de identidad total, porcentaje corporal, número de ancestros ni intensidad del contacto original. Recombinación, deriva, migración y selección cambiaron el mosaico desde el episodio inicial (CLAIM-ARCHAIC-PERCENT-LIMIT-001, CLAIM-NEAND-SELECTION-001).